Los ficheros pueden contener información en modo binario o en modo texto.
Los ordenadores por dentro no manejan notación decimal sino binaria. En tu ejemplo estás almacenando un entero en formato binario y el resultado es que en el fichero se escribirán 4 bytes (o 32 bits, que suele ser el tamaño estándar para el tipo int) y en esos bytes se encontrará la representación binaria del número. Si abres el fichero con el block de notas verás 4 caracteres (alguno puede no tener representación) extraños en vez de tu esperado número.
Si lo que deseas es almacenar información que sea fácilmente legible por una persona entonces tienes que almacenar la información en modo texto. Para este menester puedes hacer uso de, por ejemplo, fprintf:
Un saludo.