Que le default engine de la base de datos sea MyISAM, no implica que no pueda usar el motor InnoDB, ya te lo dije.
Si las tablas fueron creadas como InnoDB, son InnoDB.
El default engine de la base sólo tiene impacto en la creacion de tablas sin indicar el ENGINE=INNODB, en tales casos la tabla se crea como MyISAM, asi como si el default engine es InnoiDB se crean como tales aunque no lo indiques.
No confuindas las cosas, y ane la duda,
consulta en el manual de referencia. https://dev.mysql.com/doc/refman/5.7...e-setting.html