Si no entiendo mal quieres que dichos IDs dentro del array no se muestren?
Si es eso, creo que esto te funcionará.
Código PHP:
Ver original$array=(2,4,5,7,8,9,11,23,34);
foreach($array as $ids){
$sql="select id from empresa where trabajador='activo' and id != $ids";
}
Con eso la consulta se realizará ignorando los IDs dentro del array.
Espero te sirva. Saludos.