.htaccess - URL amigable afecta rutas de imagenes y js

[Maddenamy]

Creo que puedes solucionarlo usando una ruta exacta; se supone que tus imágenes están en la carpeta img, y está carpeta está creada en la raíz del sitio.
Si agregas el src así "src="img/imagen.png" la ruta la crea a partir de la url donde se está solicitando como lo dices arriba.
Sólo pon un / antes de la ruta, así lo tomara desde la raíz.

src="/img/imagen.png"

Así sin importar de que url se solicite, la ruta la tomara desde raíz.com/img/imagen.png

Si lo prefieres igual puedes esperar una solución con htaccess.