Hola adryan310
Entity Framework y CodeFirst te puede ayudar con esto, ya que a nivel código "creas" la base de datos, para cuando su sistema se ejecute se crean en ese momento las tablas, relaciones, etc, y el EXE (instalador) lo puedes crear desde Visual.
https://msdn.microsoft.com/es-mx/data/jj193542.aspx
Saludos.