Bfff,
Al fin y a cabo era otra cosa. Siento haber molestado.
El problema es del minificador y no de apache que guarda en el fichero .map la dirreccion completa de windows para el fichero original ... tipo C:\\carpeta\\mi_fichero.dev.js
Lo que no me di cuenta antes de abrir el tema era que dicha dirreccion se estaba añadiendo a la dirreccion buena y salia
https://localhost/carpeta/C:/carpeta/mi_fichero.dev.js
en vez de
https://localhost/carpeta/mi_fichero.dev.js
Por ahora lo he resuelto manualmente dejando al principio de mi_fichero.map solo el nombre del fichero:
En vez de
Cita: "sources":["C:\\carpeta\\mi_fichero.dev.js"]
he dejado
Cita: "sources":["mi_fichero.dev.js"]
Falta ver porque se guarda asi .... pero esto es otro tema
Saludo y perdonen las molestias