Creo que el servicio de Mercado Pago es buena opción porque cuenta con toda la plataforma y te da una API para usarla en tu propio sitio casi de manera "plug and play". Una comisión del 5% (aquí en Venezuela es 6.8%) es un monto aceptable si lo comparamos con lo que se requiere para poseer una pasarela de pago propia con similares condiciones generales.
Cita: Lo que no me cierra es que si el cliente ya opera con tarjetas de crédito en su tienda física (visa y mastercard), tenga que pagarle una comisión a MercadoPago.
Tienda física y electrónica son dos cosas muy distintas en este sentido.