yo no entendí muy bien la parte donde dices
Código:
dicho sistema tiene conexión a una base de datos que tiene que estar dentro del .exe
pero weno, trato de ayudar igual:
lo recomendable sería que tu sistema de la posibilidad de establecer ya sea mediante un fichero, o almacenando en el registro de windows la dirección del servidor y el nombre de la base de datos, y durante la autenticación tomarías el identificador y la contraseña para completar la cadena de conexión. O mucho más simple, almacener la cadena de conexión íntegra en un fichero con algún nivel de encriptación (o en el mismo registro de windows) De esta manera, instalas tu aplicación en todas las estaciones de trabajo que desees y se podrán conectar a la PC donde corre el SGBD.
y weno, crear el .exe de la aplicación, en eso te ayuda el VisualStudio.