En mi opinion se debe hacer dentro de lo posible un control de versiones.
1) Supuestamente en el local sabemos que las cosas funcionan, que no las descompusieron.
Si ya tiene tiempo mi ultima actualización descarga del servidor el sitio para que tengas los ajustes.
example.com
- Ver-01
- Ver-02
2) Por otro lado trata de usar, al subir y reemplazar archivos sólo si miden diferente o el origen es más reciente.
3) Trata de que las cosas de SEO estén en otro documento o carpeta.
Por ejemplo para las partes SEO del meta keywords puedes poner un include a un archivo el cual ellos controlen, y tu no necesites tocar.
El CSS no dejaría que lo tocaran. Ese deberían solicitarlo a tí.
4) Yo no lo uso pero hay opciones al GIT para control de versiones:
https://www.google.com.mx/search?q=git+local+server
El peligro con trabajar en remoto es que si no hay comunicación puedes tener la falsa idea de que está actualizado, cuando en realidad si hay dos personas trabajando al mismo tiempo se pueden encimar los cambios en el memento.