Si, como dices, sabes leer un archivo BMP en C++, ya sabrás que lo que tienes en primer lugar es una cabecera que contiene la información sobre la imagen (como la anchura y altura en pixels, o el número de colores, entre otras cosas). Una vez que tienes la dimensión de la imagen y el número de colores, lo normal es crear un bloque de memoria del tamaño adecuado, y leer en él la imagen. Una vez que tienes la imagen cargada en memoria, ya sería darle el tratamiento que desees.
Entonces, ¿Cuál es el problema? ¿Es el cómo cargar la imagen en memoria, o cómo tratarla una vez cargada en memoria?
Si es el primer caso, entonces tu problema real es de manejo de ficheros y de memoria dinámica. En el segundo caso, hablamos de tratamiento de imágenes, y ahí lo primero que debes tener claro es qué quieres obtener de una imagen para poderla tratar en consecuencia. El proceso de imagen es todo un mundo y hay muchas librerías ya escritas, aquí puedes encontrar algunas (y también te aviso de que es un tema que puede resultar sumamente complicado para principiantes):
http://www.thefreecountry.com/sourcecode/graphics.shtml
Saludos,