Uf...
La X de Ajax viene de XML... es una pena que se haya desvirtuado la esencia de la tecnología. Sin ser experto en SEO, estoy seguro que los contenidos xml son indexados sin problema... es más, los sitemaps y los feeds rss son ficheros xml, pero si tu Ajax no los usa, puede que sea un problema...
Tal vez sea mejor que nos cuentes como son esas llamadas. Si buscas por internet "Ajax accesible" podrías encontrar una respuesta (tal vez encuentres un apunte mio).
Saludos
