Alguna vez he tenido problemas también con el BETWEEN
Prueba a pasarle tambien los segundos si no prueba a quitar todos los caracteres no numéricos a las fechas de forma que quede
AAAAMMDDhhmmss
Ejemplo
Código SQL:
Ver originalBETWEEN '2016-01-01 00:00:00' AND '2016-06-09 08:46:00'
BETWEEN '201601010000' AND '201606090846'