No sé que entiendes por rel="canonical". Eso se usa cuando tienes páginas duplicadas, con el mismo contenido, que no puedes evitar que existan al mismo tiempo. Es útil para resaltar cuál es la "original" y cuál la copia. Tiene que aparecer en el documento (página). El archivo .htaccess sirve para crear órdenes que se ejecutan en el servidor antes de que el documento cargue en el navegador, por ejemplo las redirecciones 301.