Cita: Hasta ahora tengo un explode para obtener cada combinacion por separado pero me está faltando la funcion para contar las que coincidan con los números.
No suena tan fácil, pero bueno, ya que tienes arrays puedes usar funciones para arrays, ejemplo: array_intersect() para ver cuantos valores de tu secuencia inicial existen en cada arreglo de tu colección mayor.
Ya con eso debería ser suficiente para resolver lo que buscas, consulta el manual.