A ver, así como he podido te he intentado echar una mano, a ver si te funciona.
He encontrado varios fallos por ahí, o al menos por lo que he podido deducir. Uno tonto es que tenías un DIV sin cerrar.
Pero por el que no se te mostraban las imágenes era porque estabas poniendo la variable $descripción dentro del <p> donde debía ir la descripción y en el while de fetch_array hacías un echo innecesario con la descripción, además he deducido, no sé si correctamente que cada imagen tiene una sola descripción, por lo que no te es necesario hacer el bucle.
Te he corregido un poco el código a ver si he acertado y te lo he reorganizado un poco a como trabajo yo. Esto no es una norma, yo me entiendo mejor así, pero es algo muy subjetivo. Prueba a ver si este código te vale y si te va bien, observa las diferencias con el tuyo original para ver donde fallabas.
Código PHP:
Ver original<?php
/* INCLUIMOS LOS ARCHIVOS */
require('../../config.php');
include_once 'lib/classGaleria.php';
/* CREAMOS OBJETO GALERÍA */
$OBJ_IMGS = new Galeria('img/galeria');
$imagenes = $OBJ_IMGS->getImagenes();
/* RECORREMOS POR TODAS LAS IMÁGENES */
$DIV_IMGS = '';
foreach ($imagenes as $imagen){
/* PREGUNTAMOS LA DESCRIPCION */
$query = mysql_query("SELECT descripcion FROM subidas WHERE imagen = '".$imagen."'");
/* DIVISIÓN DE LAS IMÁGENES */
$DIV_IMGS .= '
<div class="col-md-5">
<div class="image">
<a href="'.$imagen.'" rel="lightbox"><img src="'.$imagen.'" alt="Imagen - '.$descripcion['descripcion'].'" width="100" /></a>
<p>'.$descripcion['descripcion'].'</p>
</div>
</div>
';
}
?>
<!DOCTYPE html>
<html>
<head>
<meta name="author" content="GONZALO BUSTAMANTE Y ANGEL CARRO">
<meta charset="UTF-8"
<meta name="viewport" content="width=device-width, initial-scale=1">
<meta name="viewport" content="width=device-width, initial-scale=1, maximum-scale=1, user-scalable=no">
<link rel="shortcut icon" href="../../favicon.ico">
<title>Rioja Carpinteria integral</title>
<link rel="stylesheet" type="text/css" href="../../css/bootstrap.css">
<link rel="stylesheet" type="text/css" href="../../css/estilos.css">
<link rel="stylesheet" href="css/galeria-dinamacia-2.css" type="text/css" media="screen" />
<link rel="stylesheet" href="css/lightbox.css" type="text/css" media="screen" />
<script type="text/javascript" src="js/prototype.js"></script>
<script type="text/javascript" src="js/scriptaculous.js?load=effects,builder"></script>
<script type="text/javascript" src="js/lightbox.js"></script>
<script type="text/javascript" src="js/galeria-dinamacia-2.js"></script>
</head>
<body>
<div class="container">
<div class="col-md-6 col-md-offset-4">
<img src="http://www.forosdelweb.com/img/carpinteriariojana.png">
</div>
</div><!-- container -->
<div class="container">
<div class="row">
<div class="col-md-1 col-md-offset-11"></div>
<div class="col-md-8 col-md-offset-2">
<ul class="nav nav-pills menu">
<li role="presentation"><a href="http://www.forosdelweb.com/index.html">Empresa</a></li>
<li role="presentation" class="active"><a href="http://www.forosdelweb.com/f18/cocinas/cocinas.php">Trabajos</a></li>
<li role="presentation"><a href="http://www.forosdelweb.com/contacto.html">Contacto</a></li>
<a href="#"><img src="http://www.forosdelweb.com/img/facebook.png" class="pull-right"></a>
</ul>
</div><!-- col-md-6--> <br>
</div>
</div><!-- container-->
<br>
<div class="container">
<div class="row" id="contenedor">
<div class="col-md-3" id="menu">
<ul class="nav nav-pills nav-stacked menu">
<li role="presentation"><a href="http://www.forosdelweb.com/f18/cocinas/cocinas.php">Cocinas</a></li>
<li role="presentation"><a href="http://www.forosdelweb.com/f18/salones-auxiliares/salones.php">Salones/Auxiliares</a></li>
<li role="presentation" class="active"><a href="http://www.forosdelweb.com/f18/armarios/armarios.php">Armarios</a></li>
<li role="presentation"><a href="http://www.forosdelweb.com/f18/estudio/estudio.php">Habitaciones</a></li>
<li role="presentation"><a href="http://www.forosdelweb.com/f18/banyos/banyos.php">Baños</a></li>
<li role="presentation"><a href="http://www.forosdelweb.com/f18/locales-comercios/locales.php">Locales</a></li>
</ul>
</div><!-- # menu -->
<div class="col-md-8" id="catalogo">
<div class="row" id="primerafila">
<?php echo $DIV_IMGS; ?>
</div><!-- #catalogo -->
</div><!-- #contenedor -->
</div><!-- /.container-->
</div>
<div class="container">
<footer class="container-fluid col-md-8 col-md-offset-2">
<?php echo "© Copyright ".date("Y"); ?> <div class="pull-right">
<FONT SIZE=1><a class="" style="color:white"href="http://www.forosdelweb.com/login.php">Administración</a></FONT>
</div>
</footer>
</div>
</body>
</html>
Con respescto a lo de separar el código PHP del HTML me refería a lo que he hecho yo, no a usar ningún framework.