Bueno, no se trata de que tu uses dicha referencia, la usa tu clase, el método ->asociaFilas() lee dicha referencia para continuar con el while(), entonces para cuando ejecutas la sub-consulta dentro del while() la consulta principal ya no funciona: porque ya no es la misma referencia.
¿En el portal que has hecho previamente abordas exactamente el mismo problema que aquí planteas?
De ser así ya lo has resuelto entonces ¿para qué abrir un tema en este foro si eso ya lo resolviste en tu portal tiempo atrás?
Pero bueno, así como respondes parece que eres un experto y no cometes errores: suerte con tu problema.
Te estoy explicando tu problema pero te aferras a pensar que el problema no es ese, así no vamos a llegar a ningún lado.