Después de un UPDATE no continúa WHILE

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Hola, que te parece si en lugar de crear $cnx, e instanciarlo, mejor creas un metodo tal como ejecutaSql(), y lo inicias en el script, por ejemplo conectar_db() que retorne la conexion y de esa manera al momento de llamar al metodo ejecutaSql() no tendrias que usar ninguna instancia creada, ya que mantendrias la conexion a la base abierta desde el principio.

Y como dice pateketrueke de esa forma evitaras sobreescribir cualquier referencia interna, que quizas se este dando en este caso.