Cita: [...] un formulario que se puede duplicar gracias a Jquery el problema es que cuando recibe los datos no lo ingresa completo [...]
Claro, y prefieres creer que el problema es de PHP y no de Javascript (jQuery), cuando bien claro dices que duplicas los campos con jQuery. No te pases de listo.
Entiende que en PHP recibirás lo que mandes del navegador, si no mandas bien las cosas ¿por qué culpar a PHP de no obtenerlas?