Buenas,
No lo he probado pero creo que puedes conseguirlo configurando un poco el webdriver Firefox.
Código Java:
Ver originalFirefoxProfile firefoxProfile = new FirefoxProfile();
firefoxProfile.setPreference("browser.download.folderList",2);
firefoxProfile.setPreference("browser.download.manager.showWhenStarting",false);
firefoxProfile.setPreference("browser.download.dir","RUTADONDEQUIERESDESCARGAR");
firefoxProfile.setPreference("browser.helperApps.neverAsk.saveToDisk","application/pdf");
WebDriver driver = new FirefoxDriver(firefoxProfile);
[....]
Un saludo