Si es desde que encendes el equipo, puede que esto te funcione:
How can I show or hide boot messages when Ubuntu starts?
Si es una aplicación cuando carga el escritorio, puede que sirva este otro:
Displaying Hidden Startup Applications
Si es cuando carga el escritorio que queres inicie algún protector de pantalla:
xscreensaver to load at startup?
Una búsqueda simple y sencilla usando google:
hide all the process boot ubuntu auto start screensaver on desktop ubuntu