Gracias por la solucion, ya funciona perfecto!
Código HTML:
<!DOCTYPE html>
<html lang="es">
<head>
<meta charset="utf-8" />
</head>
<body>
<div id="menu-desktop">menu desktop</div>
<div id="menu-portatil">menu portatil</div>
<script>
var dispositivo = navigator.userAgent.toLowerCase();
if( dispositivo.search(/iphone|ipod|ipad|android/) > -1 ){
document.getElementById("menu-desktop").style.display = "none";}
else {
document.getElementById("menu-portatil").style.display = "none";}
</script>
</body>
</html>