Como organizar un proyecto con include ?

[wilson_romero]

Hola jajaja bueno informo un poco tambien y pregunto.

El problema es que tengo que crear muchas paginas con include.
por ejemplo
la primera es el index.php, este contiene dos include, la cabecera y el cuerpo
pero cuando entro a mi index.php, tiene un código que verifica si esta logueado, si lo estas, tengo que enviarte con un header a otra pagina que ya no es index.php, te enviaria a index2.php que contiene dos include la cabecera que ya no es la misma, es otra cabecera que contiene la información de un usuario logueado pero el cuerpo seria el mismo.
Pregunto.
Esta es la forma correcta de hacerlo?
Por otro lado la pregunta principal es. Donde guardaré todos estos include que voy creando.
1. En una carpeta o en el mismo principio del directorio?
Gracias espero que me entiendas.