Como organizar un proyecto con include ?

[wilson_romero]

tengo unas duda pero antes me eh informado que para organizar un proyecto los archivos y carpetas se deben organizar mas o menos asi. Recordando....
Nombre de archivos y carpetas en minúsculas, nombres cortos, no usar ñ tampoco palabras con apóstrofos y si quieres usar espacios es mejor usar el guion bajo _.
las carpetas de este modo
Carpetas:css
Carpetas:fond
Carpetas:funciones_php
Carpetas:imágenes
index.php

bueno asi lo tengo yo pero que hacer con los archivos que contienen los includes para trabajar con cabecera

creo una carpeta que se llame Carpetas:includes o los pongo dodos en el inicio de la raíz
por que tengo que crear el include que contiene la cabecera dos veces (que trabajo un iframe resulta mas cómodo) pues si... dos veces cuando esta logueado y cuando no y mas cosas que todavía no se donde ponerlas
que me aconsejan los expertos? según sus experiencias
eL POST es un poco tonto pero a falta de aqui esta.