En realidad, esto suele pasar más veces al día de lo que uno se imagina.
Con el sitio fuera de línea poco menos de 12 horas no es una situación preocupante. Posiblemente pasen un par de días hasta que Google detecte que todo el sitio responde con un 200 OK en cada página y a partir de ahí el tráfico al sitio vuelva a tener los valores anteriores a esta contingencia.
Saludos! Un gusto leerte