Te dejo un ejemplo sacado de la manga... A ver si acierto y resuelvo tu problema.
Saludos,
PCID.
Código MySQL:
Ver original-- Creación e inserción de datos para el ejemplo
values ('11111A', 'TARARA', 'AAAA'),
('222222A', 'TERERERE', 'EEEE'),
('3333333A', 'TIRIRI', 'IIII');
values ('999999A', 'TOROROR NUEVO VALOR', 'COLUMNA QUE NO EXISTE EN TABLA1', 'OOOOOO'),
('11111A', 'TARARA NUEVO VALOR', 'COLUMNA QUE NO EXISTE EN TABLA1', 'A REPETIDA'),
('222222A', 'TERERE NUEVO VALOR', 'COLUMNA QUE NO EXISTE EN TABLA1', 'E REPETIDA'),
('3333333A', 'TIRIRI NUEVO VALOR', 'COLUMNA QUE NO EXISTE EN TABLA1', 'I REPETIDA'),
('888888A', 'TURURU NUEVO VALOR', 'COLUMNA QUE NO EXISTE EN TABLA1', 'UUUUUU');
/*
-- Contenido de tabla1
---------+------------+---------------------+------------------------------------------------
id_tabla1 dni col1 col2
---------+------------+---------------------+------------------------------------------------
1 11111A TARARA AAAA
2 222222A TERERERE EEEE
3 3333333A TIRIRI IIII
-- Contenido de tabla2
---------+------------+---------------------+---------------------------------+--------------
id_tabla2 dni col100 col3000 col200
---------+------------+---------------------+---------------------------------+--------------
1 999999A TOROROR NUEVO VALOR COLUMNA QUE NO EXISTE EN TABLA1 OOOOOO
2 11111A TARARA NUEVO VALOR COLUMNA QUE NO EXISTE EN TABLA1 A REPETIDA
3 222222A TERERE NUEVO VALOR COLUMNA QUE NO EXISTE EN TABLA1 E REPETIDA
4 3333333A TIRIRI NUEVO VALOR COLUMNA QUE NO EXISTE EN TABLA1 I REPETIDA
5 888888A TURURU NUEVO VALOR COLUMNA QUE NO EXISTE EN TABLA1 UUUUUU
*/
/*
-- Contenido de tabla1 después del UPDATE
---------+------------+---------------------+------------------------------------------------
id_tabla1 dni col1 col2
---------+------------+---------------------+------------------------------------------------
1 11111A TARARA NUEVO VALOR A REPETIDA
2 222222A TERERE NUEVO VALOR E REPETIDA
3 3333333A TIRIRI NUEVO VALOR I REPETIDA
*/