Prueba asi:
Código PHP:
Ver original$con->autocommit(false);
if(isset($_POST["username"]) && $_POST["username"]!="" && isset($_POST["fullname"]) && $_POST["fullname"]!="" && isset($_POST["email"]) && $_POST["email"]!="" && isset($_POST["password"]) && $_POST["password"]!="" isset($_POST["confirm_password"]) && $_POST["password"] == $_POST["confirm_password"]){
include('conexion.php');
$sql1 = $con->query("SELECT * FROM user WHERE username ='$_POST[username]' OR email='$_POST[email]'");
$con->commit($sql1);
if($total >=1){
echo "<script>alert('Nombre de usuario o email ya estan registrados.');window.location='../registro.php';</script>";
}else{
$sql = $con->query("INSERT INTO user (username,fullname,email,password,created_at) VALUES ('$_POST[username]','$_POST[fullname]','$_POST[email]','$_POST[password]','NOW()')");
if($sql !== false){
$con->commit($sql);
echo "<script>alert('Registro exitoso. Proceda a logearse');window.location='../login.php';</script>";
}else{
$con->rollback();
echo "<script>alert('Ha ocurrido un error durante el proceso, no se han guardado cambios, por favor intente nuevamente');window.location='../registro.php';</script>";
}
}
}