A eso es a lo que me refiero
dashtrash y la verdad me parece este un tema interesante.
Segun el planteamiento del problema inicial entiendo que recaba la información de forma parcial y tal cual la recibe la va insertando o actualizando en la bd de forma asíncrona mediante AJAX , por lo que crea inconsistencia en la bd, cuanto menos temporal.
Lo que me lleva a pensar esto es por esta parte donde dice:
Cita: El problema es que cuando esta lenta se ejecuta solo 2 o una. Y lo mismo pasa cuando un usuario "dispara el evento" y este cierra la pagina antes de que termine de ejecutarse las 3 funciones.
Ya que si dispara el evento y se ejecuta el php es indiferente de que el usuario cierre el navegador o no. La integridad de las tablas se puede romper por los puntos que has expuesto, pero no se debería romper por acción directa del usuario.
Por eso indicaba que antes de ejecutar las sentencias y/o las transacciones, lo mejor es tener todos los datos.
Es verdad que como indica
gnzsoloyo, realizando conexiones persistentes se podría realizar, pero también entiendo que eso puede suponer un costo bastante alto y en muchos casos no es asumible.