Sería mejor que vieras por qué te da error al hacer la carga mediante Properties, no es normal que no te lo reconozca, aunque no tengo muy claro el significado exacto de que no lo reconoce.
Cita: El problema es que los parámetros recogidos llevan algo delante y detrás que impiden el funcionamiento correcto. Para la prueba he colocado los valores manualmente, pero eso invalida el fichero y la facilidad de cambiarlos en el futuro sin tener que retocar el código.
Cuando veo los valores con el debug, aparecen como " pepe " y " pepa ", por lo que está claro que falta algo en la sentencia replaceAll para eliminarlo.
Lo normal para eliminar espacios iniciales y finales no es usar replace, sino trim
http://www.tutorialspoint.com/java/java_string_trim.htm
Para eliminar los espacios en blanco, el replaceAll es válido, pero no modifica la cadena, sino que crea una cadena nueva.
b=a.replace(" ","");
a.replaceAll("\\s","");
sustitúyelo por una de las dos
a= a.replaceAll("\\s","");
a= a.replaceAll(" ","");
son equivalentes.
Aparte de eso es una muy mala práctica el que las cadenas acaben en un espacio en blanco. Lo de que llevan algo delante y detrás (distinto del espacio) no lo entiendo y lo de que el archivo se invalida al cambiarlo manualmente tampoco.
Te recomendaría que creases un fichero nuevo de properties, sin copiar/pegar para asegurarte de que el fichero que usáis no está corrupto. Por cierto, los ficheros de properties siempre tienen que tener encoding ISO-8859-1, aunque ese no sea tu problema.