Hola juandobleme,
Notepad++ es un simple editor de texto que resalta la sintaxis por colores.
Pero Atom tiene multitud de componentes que se le pueden instalar, y que van desde terminales, hasta transpiladores de TypeScript. Es de los más completos que yo he visto.
De todas formas, si estás aprendiendo, cuanto más simple sea el editor, mejor. Porque te obligará a fijarte más en la sintásix y a aprenderla. Si el editor tiene autocompletado, como es el caso del ATOM, al final haces uso de ella, y no terminarás de memorizar las etiquetas y atributos.
Una opción por la que siento debilidad, en lugar de notepad++, es PSPad.
Es el que uso cuando edito PHP, HTML y JavaScript en windows.
En cuanto a aprender HTML, y otras tecnologías web, permíteme que te recomiende los libros de XHTML, JavaScript y CSS de Javier Eguíluz gratuitos en su web
librosweb.es. Luego te puedes meter con jQuery y Bootstrap. Y a partir de ahí con el resto. Pero los ladrilos básicos con los que se sigue contruyendo la web son HTML, JavaScript y CSS.
Espero haberte ayudado.