No se si te estaré entendiendo bien del todo.
Si tienes este select:
<select id="sel">
El código JavaScript para cambiar el item seleccionado sería:
document.getElementById('sel').selectedIndex=2 //los elementos se numeran empezando por cero
Si tampoco es esto a lo que te refieres, a lo mejor podrías poner algo del código que están usando, a ver por donde van los tiros.
Saludos,
