consulta modular código fuente

[pepeargenti]

A menudo tenemos una gran cantidad de lineas de codigo en nuestros archivos . Donde se fusionan tecnologías como html , php , javascript , etc que al momento de hacer una revisión del código fuente se vuelve un caos identificar una posible falla o actualización del mismo.
Estoy en miras de modular mi código para separar tecnologías como html y php . Hasta el momento php lo utilizo para manejo de bases de datos (inserción y borrado de archivos) y los comentarios no ayudan demasiado ya que el código quedaría algo así:

PHP para conectar a la BD , HTML (cabecera , botonera de navegacion ) PHP nuevamente para las consultas y luego HTML nuevamente para el resto del documento.

Que opción me recomiendan: definir funciones o incluir todo el código php al principio del archivo y luego todo el html?

Las funciones no ralentizarán el render de mi pagina?