Puedes utilizarlo cuantas veces necesites, eso sí, para obtener un mismo id lo normal es almacenarlo en una variable
Teniendo en cuenta esto que nos dice el manual:
Cita: Nota:
Como mysql_insert_id() actúa en la última consulta realizada, asegúrese de llamar a mysql_insert_id() inmediatamente después de la consulta que genera el valor.