Cita:
Iniciado por natyale 
Amiancht, gracias por tu respuesta. Hice lo que me indicas y al probar acortar una url, me sigue saliendo así:
http://ncut.me/vip/pKtml
La carpeta vip sigue saliendo, tal vez algo hago mal no! Estoy loca con esto, ya no se que hacer...todo el día dándole vueltas.
Que puedo hacer?
Código PHP:
## Uncomment (remove # ONLY NOT ##) line below if installed in folder and add folder name after /
## Example: Script is installed in /public_html/vip/ then it should be: Rewritebase /vip
## Then the files below should be (add slash to all): /index.php?action=$1
## Uncomment the code below to Use PHP 5.4
# AddHandler application/x-httpd-php54 .php
#Options -MultiViews
RewriteEngine On
## Uncomment the following line to use the multi-domain feature
# RewriteRule ^(.*)$ http://ncut.me/$1 [R=301,L]
# RewriteRule "/(.*)" "http://ncut.me/vip/$1" [R,L]
#Rewritebase /
## Admin Panel
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteRule ^admin/(.*)?$ admin/index.php?a=$1 [QSA,NC,L]
## Sitemap ###
RewriteRule ^sitemap.xml$ sitemap.php
## Application Handler
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteRule ^(.*)?$ index.php?a=$1 [QSA,NC,L]
## Error 404 ##
ErrorDocument 404 /index.php?a=404
Ya veo que problema tienes, yo erroneamente había supuesto que solo tenías la carpeta VIP dentro de ese dominio.
Antes del rewrite necesitas un rewritecond donde pongas las excepciones a ese rewrite
En el siguiente ejemplo se redirige toda petición excepto index.php, la carpeta admin y el fichero robots.txt, etc.. Hay separaras por | dentro de ese parentesis y excluiras todos esos ficheros del rewrite;
Código Apache:
Ver originalRewriteCond $1 !^(index\.php|admin|robots\.txt)
RewriteRule "/(.*)" "http://ncut.me/vip/$1" [R,L]
Ahora tu generador de enlaces deberia generar los enlaces con http://ncut.me/$1
Otra pregunta, si es una aplicacion preinstalada seguramente tengas que modificar algun parametro de configuración en la app para que genere bien los enlaces, seria configurar alguna variable llamada en plan "base_url" etc...
PD:
En tu codigo estaba comentado con los #, no se por que...