Hola:
Tal vez te ayude esta página:
Ceuta y Melilla. Y el código javascript
:
script.Ceuta_y_Melilla.
Al ser imágenes svg, hay que usar otros selectores como getAttributeNS y setAttributeNS... y si quieres que cambie el color se usa el atributo fill (supongo que ya lo habrás deducido).
Saludos