Avitar que recarge una pagina al generar un .xml

[pateketrueke]

Creo que quieres combinar cosas y eso no es tan fácil: recuerda que javascript se ejecuta únicamente en el navegador, mientras que php en el servidor.

No puedes "reemplazar" window.open con include sólo porque se te ocurrió, sin embargo podrías usar algo de Ajax, qué prácticamente es mandar a ejecutar el script de php remotamente y el resultado lo puede aplicar donde sea.

Sin embargo eso nada tiene que ver con PHP, es una tema exclusivo de Javascript y sobre todo de jQuery, que es la librería que usas: por favor consulta una referencia.