Como dice willyfc, quizás se trate de un problema de apilamiento de capas, que con z-index se podría solucionar o de tamaños, prueba con:
Código CSS:
Ver original#menu ul a
{
/*tus estilos*/
display: block;
height: 4em /*o lo que quieras*/
}
Si el problema persiste, puede ser un problema de transformaciones 3D.