consulta que compara dos campos de una misma tabla

[gnzsoloyo]

pero no me devuelve los resultados correctos me devuelve resultados donde la nota 2 es mayor a la nota 1, pero no dos puntos mas,

En realidad te está devolviendo los resultados correctos... en función del WHERE que has escrito.

Tu consulta indica que deben obtenerse aquellos registros donde la NOTA2 más dos puntos sea mayor o igual a la NOTA1... lo que no tienen nada que ver con lo que dices.
Esa condición, por ejemplo, devolvería verdad si la NOTA1 fuese 7,7 y la NOTA2 fuese 5,7; 8,0 o 1000,99.
NO estás pidiendo por una diferencia, sino por un rango, que no es lo mismo.

Para que se cumpla que la NOTA2 sea dos puntos por encima de NOTA1 es sencillamente:

Código MySQL:

...
WHERE TRUNCATE(NOTA2-NOTA1, 0) = 2;