Buenas,
Mucho me temo que si esos applets estan autofirmados no hay forma de evitar la confirmacion.
La ventana de confirmacion en realidad no viene de firefox, sino del plugin Java:
http://www.java.com/en/download/help/jcp_security.xml https://support.mozilla.org/fr/questions/963349
Los applets estan cada vez menos soportados debido a su largo historial de fallos de seguridad. De hecho otros navegadores como Chrome los bloquean completamente.
Un saludo