Pues fácilmente podrías mezclar la configuración inicial con lo que recibes por post usando array_merge(), y para no escribir el código a mano puedes usar var_export().
Código PHP:
Ver original// configuración inicial
$foo = 13;
// serializamos en un array
// nueva configuración
$new_data = array('foo' => 20);
// configuración mezclada
// exportamos la configuración
$php_code = '<'.'?php return '.var_export($mixed_data, 1).';';
// guardamos el script
Yo sí he entendido a la perfección lo que intentas hacer, no te molestes.
PDTA: ese script lo debes cargar/usar así:
Código PHP:
Ver original$settings = include 'config.php';
echo $settings['foo']; // 20