Cita: [La base de datos es Hibernate y se genera en memoria en el propio servidor donde está la web. Lo comparo con SQL Server e IIS (que es lo que he trabajado siempre que estaban en servidores distintos).
Teniendo en cuenta que Hibernate NO es una una base de datos, supongo que eres muy novata en java y que hay que tomar tus afirmaciones con pinzas.
Supongo que la base de datos será Derby o HSQL, busca cuál es, puedes probar buscando el valor de jdbc.driverClassName.
Cita: Se utilizan tablas paginadas pero sólo se guardan 10 registros en memoria. En toda la aplicación hay un total de 4 tablas, las veo muy pocas, no ¿?
Muy poco, ese no es problema. Error mío, estaba pensando en otro error de memoria, el perGem no tiene que ver con objetos así que el problema no es nada de bucles o tamaño de datos.
¿Sucede también con el servidor recién arrancado?¿Despliegas en el servidor o desde el IDE (eclipse/netbeans)?¿Hay más aplicaciones en el servidor?¿Cómo y dónde configuras la memoria MaxPermSize?¿Versión de Tomcat?