A tu función javasript le has de pasar tus parámetros que haces en el link (exactametne igual ..) a la hora de abrir tu ventana con window.open .. donde le pasas el parámtro de que página quieres abrir en tu "pop up" .. Por ende, debes de pasarle esas variables que requires en tu script.php (y que a ese entraran por GET pues sólo estás haciendo una llamada como si de un link se tratase ..)
Sería algo así:
Código PHP:
<script language="JavaScript">
<!--
function abreventana(variables){
window.open("desplegar.php3?"+variables,"_blank"," toolbar=no,menubar=no,scrollbars=yes,location=yes,
status=no,width=700,height=650");
}
//-->
</script>
Código PHP:
echo '<td><a href="desplegar.php3?titulo='.urlencode($row["titulo"]).'" onclick="abreventana('titulo='.urlencode($row["titulo"]).');">'.$row["titulo"].'</a></td>';
PHP no tiene nada que ver con javascript .. Piensa siempre que "PRIMERO" PHP se ejecuta en el servidor .. "compone" tu HTML/javacript (si es usado vía echo .. ect) o simplemente lo deja como esté (si has roto <? ?> para incrustrar tu HTML/javascript/etc ..). Piensa en lo que PHP va a generar .. y edita el código generado para comprobar que es eso lo que harías "a mano" sin nada de PHP.
Un saludo,