Tendrias que hacer un update a todos tus datos usando la funcion rtrim ltrim algo como esto:
Código SQL:
Ver originalUPDATE tabla
SET columna=rtrim(ltrim(clumna))
aqui la sintaxis de la funcion para sqllite
http://www.techonthenet.com/sqlite/functions/trim.php
Ahora el tener esos espacios de mas en que te afecta? si es para usos de reporteo o de presentacion creo que podrias quitar los espacios en blanco antes de presentarlos.....