Asi:
Código PHP:
$contrasena = $_POST['variable_que_recibes'];
$contrasena_encriptada = md5($contrasena); //AQUI YA LA TIENES ENCRIPTADA
deberas guardar
$contrasena_encriptada en base de datos... luego para login, debes comparar ambas encriptadas.
Código PHP:
$contrasena_enviada = md5($_POST['variable_de_login']); // la encriptas para compararla con la de base de datos
if($contrasena_base_de_datos == $contrasena_enviada){
//si se cumple
}else{
//si no se cumple
}