Si, existen libros te recomiendo "Como programar en java" de deitel y deitel ed. pearson. Hay ediciones anteriores en la web (creo que 7ma edicion), pero si eres programador java te recomiendo comprarlo fisicamente. Te servira mucho, y no solo para web.
Ahora, usando solo servlets y JSP es algo dificil con implementar el Modelo-Vista-Controlador al 100% por lo que es mejor usar un framework pero para ello debes entender bien servlets y JSPs.
Para empezar a aprender generalmente comienzan con el framework Struts(que ya es viejo) y depues el camino era hibernate(para ORM) y por ultimo spring. Pero han salido nuevos frameworks como Struts 2, hibernate y spring se han actualizado mucho desde que struts era novedad, otras personas desechan struts y se van sobre spring mvc.
Tambien esta la competencia que es Java Server Faces (JSF) o Enterprise Java Beans (EJBs), y ahora aparecio Play (tambien compatible con scala).
Esta es una de muchas estadisticas que tal vez te ayuden a decidir despues de que aprendas servlets y JSPs:
http://zeroturnaround.com/rebellabs/...n-gwt-and-jsf/