compara primero los números e intercambialos en dependencia del resultado
Código:
Scanner xalu =new Scanner(System.in);
System.out.println("Ingrese numero");
int numero1=xalu.nextInt();
System.out.println("Ingrese numero");
int numero2=xalu.nextInt();
//--------------------------------------------------------------
if(numero1 < numero2)
{
int temp = numero2;
numero2 = numero1;
numero1 = temp;
}
//--------------------------------------------------------------
int residuo;
int mcd = 0;
do {
residuo = numero1 % numero2;
if (residuo != 0) {
numero1 = numero2;
numero2 = residuo;
} else {
mcd = numero2;
}
} while (residuo != 0);
System.out.println("el mcd es: "+mcd);