No tiene nada que ver eso con el borrado de los registros.
Como te dije,el borrado es físico. El espacio de un registro borrado pasa a ser ocupado por cualquier otro al compactarse la tabla en su archivo.
No estás hablando de tablas de Excel, ni archivo de texto. La estructuración de los datos en las tablas de un DBMS es diferente.
Cita: In MyISAM tables, deleted rows are maintained in a linked list and subsequent INSERT operations reuse old row positions.
Eso significa que posteriores INSERTS u otras operaciones de optimizacion pueden destruir la información por sobreescritura.
Por otro lado, no me has respondido la pregunta...
Hay diferencias de comportmaiento entre las MyISAM y las InnoDB.