Cita: Cuando paso por FTP el fichero con acentos y lo abro desde el RedHat, ya no tiene acentos.
Bueno, alli tienes una pista...
El FTP está corrompiendo los datos. Es posible que haya algun error en el modo del FTP que esté tomando 7 bits (ASCII) en lugar de los 8 bits (UTF-8).
Usualmente no debería ocurrir, pero te sugeriría que verificaras eso.