Programar web a codigo directo

[tiranium]

Buenas, soy una persona que desde su juventud se interesó por la programación. Desde adolescente aposte por html,css, php y mysql y aprendí estos lenguajes. Mi camino se desvió a otra area y ahora 13 años despues vuelvo a retomar la programación con la suerte de que estos lenguajes siguen siendo fuertes hoy en dia.

Se que existen los sistemas de gestion de contenido y de echo soy usuario de ellos pero me ha surgido la necesidad de programar una aplicación web potente personalizada y algunos amigos informaticos se extrañan muchisimo de que la programe a codigo directo sin utilizar plantillas (programar sobre un sistema de wordpress pejmp) porque segun dicen (y es verdad) que es mucho mas trabajo.

Es tan raro programar asi hoy en dia? como lo haceis vosotros en vuestros trabajos para hacer webs personalizadas con funciones especificas?

Seguramente lo que estaré haciendo mal será no utilizar bootstrap de base para ahorrar tiempo en maquetación web. ¿Que opinais?