Para no hacerte líos con htaccess, pon las rutas absolutas de tus css de la misma forma que lo estás haciendo con tus archivos js.
También puedes establecer la condición para que no aplique las reglas si es un archivo existente, así como lo hiciste:
La cuestión es que esa condición solo se aplica para la RewriteRule posterior inmediata, si quieres aplicarlo para más reglas tienes que repetir la condición para cada regla.
RewriteCond 1
RewriteRule 1
RewriteCond 2
RewriteRule 2
En chrome puedes hacer clic derecho, luego en inspeccionar y después en consola puedes ver si hay un error al cargar algún archivo y la ruta que intentó cargar, así puedes tener pistas para no hacer cambios sin saber qué está pasando.
Saludos.
