Por poder se puede, pero hay que tener una serie de características en cuenta:
- No tiene demasiado sentido comparar dos estructuras entre sí a lo bestia... lo lógico es comparar los elementos de la estructura que te interesan para la ordenación.
- A la hora de recolocar los elementos tienes que ser consciente de que una estructura puede tener punteros... ten cuidado con su manipulación.
No deberías encontrar demasiados problemas al modificar el algoritmo.
Un saludo